年に何回あるか程度の話なので受け渡し線を通過する最終の定期列車が通過したのちJR貨物機に押し込んでもらって
深夜等に営業中の信号システムに依存しない線路閉鎖で移動させればいいだけじゃないのか、いう程度の話です。
甲種輸送の線路閉鎖なんて前例いくらでもある話だし。

そもそも数キロでしょ？栗橋〜南栗間なんて。