１１３系か１１５系か分かりませんが「みかん電車」とか呼ばれてるやつと、
新しい車両が併結されてる御殿場線をこの前見たのですが、
この場合、ドアの半自動はどういう扱いになるのですか？

御殿場線はドア半自動扱いだと思いますが、
みかん電車のほうのほうは半自動機能は無かったと思います。

この場合、例えば「新しい車両＋みかん電車」併結ｔの２両編成の場合、
どうなるのですか？
２両とも半自動ではなくなるのか、それとも、新しいほうの側の車両だけ半自動になるのですか？