JRの特急みたいに、指定席と自由席に分ければいい。
一特は1号車が指定席(360円)2号車が自由席(200円)
ミュースカイは4号車と増結8号車が自由席。
まる乗り1DAYは自由席のみ利用可。

まる乗り1DAYの制度を知らず、自分が予約した席に座ってるとクレーム付いたとか聞いたことがある。