博多駅
11番線・12番線ホームの延長と改良を行い

11番・12番　新大阪方面行
13番・14番　島内折り返し
15番・16番　鹿児島・長崎方面行

と言うのを基本運用にすれば
平面交差は（ある程度）解消されるのでは？