>>855
それは謎ですね…。
大江戸線の開業時には東西線神楽坂駅の神楽坂口にはエレベータもエスカレータもなかったので、開業時にエレベータがあった大江戸線牛込神楽坂駅のA1出口を基準に考えると東西線神楽坂駅矢来口が近かったので乗り換え先に設定して、そのままになっているのかもしれませんね（855の書き込みにある「A1」と「A3」は恐らく逆だと思うので、読み替えています）。