＞素人考えだと蒸留コストは甲類の方が高そうに感じますが

1設備あたりの設備投資は連続式の方が高いが、運用コストは連続式の方が安い。

連続式はその名前の由来通り、原料のもろみを連続して上から供給して蒸留しつつ、
蒸留残渣は下から排出されていく。

単式は1回蒸留したら残渣を排出して内部を洗浄しないと次の蒸留が出来ない。