「聖なる泉枯れ果てし時 凄まじき戦士雷の如く出で 太陽は闇に葬られん」
って記述があるってことは、封印成功したのとは別にクウガがいたと解釈することも可能
HERO SAGAのリクや小説のプロトクウガとまたパラレルになるけども

案外他のクウガが戦って、ある程度ダメージ与えてたから、
封印が成功したのかもしれないね