https://nlab.itmedia.co.jp/nl/amp/1803/03/news022.html
>作品は1人1票、キャラクターは5キャラクター、メカは3機、アニソンは2曲までそれぞれ投票可能で投票期間は4月20日まで。

ガンダム大投票の作品投票は1人1票、つまり無印SEEDとDestinyはどちらか一つにしか入れられないし例えば他作品だと00(TVシリーズ)と劇場版00の両方好きだって人もどちらかにしか入らない、WとEWも同様
なので作品別投票のSEED票数は無印ファンのうち運命(や他ガンダム)より無印SEEDに入れた人の数で
Destiny票数はDestinyの作品ファンのうち
無印SEED(や他ガンダム)よりDestinyを取った人の数っていう事

他作品についても同じ条件になるから、既に指摘してる人もいるように00劇場版やガンダムZZ、あとエンドレスワルツの順位が実人気に比べて異常に低くなってるのはこの要因があるからだね

投票に不正があったとは言わないけど作品別投票に限ればシステム上必ずしも作品人気がそのまま反映されたとは言い難いと思うよ
というよりZとZZやWとEW、00と劇場版の差よりは無印に対する運命の割合はでかく見える