午前中ならＪＲ→新函館→新幹線の方がはるかに速い。当日中に東京に着く。

午後になると、以前は北斗星とかはまなす→新幹線とか選択肢があったが、
今は東京到着を急ぐならシルバーフェリーが最善と思う。

飛行機の欠航の理由によってはＪＲもだめな場合やフェリーもだめな場合もあり得るが。