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この元税理士さんは、税理士として登記申請を行ったわけではないはずです。そもそも法務局が受け付けてくれませんからね。
登記申請のために必要な書類の作成を行って、あくまでも申請者本人が法務局に申請した形式をとっているのでしょう。
厳密にはこうした仮装本人申請も行ってはいけないこととされているため、逮捕されてしまったのです。

司法書士と類似した資格と見られがちなものに行政書士があります。
かつて、「会社設立」や「起業」といったキーワードを検索すると、行政書士のHPがものすごい数表示されました。
司法書士法では、行政書士も会社設立登記を行ってはいけないことになっています。
司法書士業界からすると行政書士が司法書士の職域を荒らしたということになってしまったようです。
その結果、司法書士会と行政書士会が話し合い、行政書士がそのような広告を行うことはしないように行政書士会が会員を管理する、ということで決着したそうです。

近い将来、税理士会と司法書士会の話し合いが行われることになるのかもしれません。
結論は行政書士と同様のことになるのでしょうね。