間抜けな質問かもしれませんが･･･

副業をすると、副業先では所得税は控除されますが、住民税は控除されません。
住民税はその控除されなかった分を確定申告で普通徴収なり特別聴取なりで支払う形になると思います。
副業によって年収が上がることで、住民税だけでなく、健康保険や厚生年金も支払う金額が増えるかと思うのですが、
それはどうやって支払われているのでしょうか。
これも確定申告で支払う形になるのですか？