いいえ
国民健康保険は基礎控除しか適用されません
青色申告特別控除はもちろん生命保険料控除、医療費控除などあらゆる控除が適用されないのです

住民税にはほとんどの控除が適用されますが、青色申告特別控除(65万)だけは適用されません