「メジャーの給与計算」というのは、「2111給与計算システム」のことで良いですね？

2111の給与計算システムには、CSVの入出力機能があったので、ファイルフォーマットは
確認していませんが、給与net から出力したCSVを加工して取り込むことはできるようです

ただ、給与net のデータを2111の給与計算に持ってくるにはCSVを経由する必要はなく
給与II からのコンバート機能が用意されているのでそれを使えば良いと思います

また、給与net → Major にデータを持ってくる目的が、年調のためなら、
給与計算システムを経由しなくても直接年調に持ってくることも可能です