ネット上で年末調整の申請
と書いてる時点で、色々混乱してるのはわかる。

フリーランスと書いてるし、
基本「乙」だから
バイト先に収入がバレることはないだろう。
あと日本語はもうちょっと正確に書いた方が良い。

理解してあげたいけど、文章の組み立てがあちこち足す癖があるせいか難しいw