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Message Passing Interface (MPI) 統合スレ
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0001デフォルトの名無しさん
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NGNG
MPIによる並列プログラミングについて話し合う統合スレッドです。

とりあえず本家
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/

0101デフォルトの名無しさん
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2006/01/31(火) 15:53:13
age
0102デフォルトの名無しさん
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2006/01/31(火) 19:28:15
こんなエラーがでるんだが誰れか原因解かりますか？
[root@clust-gri00 test]# mpif90 -o testfile testfile.f
/usr/local/mpich-1.2.6/lib/libmpich.a(farg.o)(.text+0x7): In function `mpir_iargc__':
: undefined reference to `f__xargc'
0105デフォルトの名無しさん
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2006/02/01(水) 18:04:38
Intel Fortran Compiler 8.1 から Intel Fortran Compiler 9.0に入れ換えたらこんなのがでるようになった.
glibcのヴァージョンが古いのか？動くっちゃ動くし結果も間違っていないが、何か気持ちわるい。
誰れか改善方法しりませんか？
/opt/intel/fc/9.0/lib/libifcore.a(for_open_proc.o)(.text+0xc14): In function `for__compute_filename.':
: warning: Using 'getpwnam' in statically linked applications requires at runtime the shared libraries from the glibc version used for linking
/usr/local/mpich-1.2.6/lib/libmpich.a(p4_secure.o)(.text+0x87): In function `start_slave':
: warning: Using 'getpwuid' in statically linked applications requires at runtime the shared libraries from the glibc version used for linking
/usr/local/mpich-1.2.6/lib/libmpich.a(chnodename.o)(.text+0x29): In function `MPID_Node_name':
: warning: Using 'gethostbyname' in statically linked applications requires at runtime the shared libraries from the glibc version used for linking
0106デフォルトの名無しさん
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2006/02/02(木) 04:11:56
めっせーじぱっしんぐってなあに？
0108デフォルトの名無しさん
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2006/02/02(木) 05:39:40
いじわる＞＜
0111デフォルトの名無しさん
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2006/02/09(木) 13:02:07
age
0112デフォルトの名無しさん
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2006/02/09(木) 14:40:46
MPICH2のC++バインドのクラス一覧が載ってるサイト知りませんか？
ユーザーガイドにも載ってないし。
0114デフォルトの名無しさん
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2006/03/02(木) 23:48:55
MPI初心者なんですけど、
MPICHダウンロードして、一緒についてきたサンプルプログラムを
MPICH Configurationで参加するノードを設定してから実行すると

Failed to launch the root process:
"C:\Documents and Settings\XXXXX\cpi"
LaunchProcess failed, LogonUser failed, ログオン失敗: ユーザー名を認識できないか
、またはパスワードが間違っています。

というエラーが返ってきます。
設定しなければローカルで動くんだけど、何でだろう？

0116114
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2006/03/03(金) 17:57:11
>>115
ありがとう！
やってみるね！
0117デフォルトの名無しさん
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2006/03/07(火) 16:00:54
独学でisend bcastなどの基本的な関数は一通り使い方がわかったのですが、
なんか練習問題みたいなのはないですか？

そんな大規模演算をする機会もないし、
練習用に何かお勧めなものはありますか？
0118デフォルトの名無しさん
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2006/03/07(火) 17:20:48
sendとrecvだけでbcast,scatter,gather,allgatherと同じ機能を作る
ヤコビ法の並列化
LU分解の並列化
2次元FFTの並列化
0120デフォルトの名無しさん
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2006/03/07(火) 19:24:56
実用的なのは、

コマンド１
コマンド２
.
.
.
コマンドN
という独立したジョブが書いてあるテキストファイルを読み込んで、
P個のプロセッサで実行させるプログラム。
コマンドに依存関係つけるとなおよし。
0121デフォルトの名無しさん
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2006/03/12(日) 16:05:09
MPI_Sendで送る際、相手が受け取るまでプログラムの実行を停止するにはどうしたらよいのでしょうか？
0122デフォルトの名無しさん
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2006/03/12(日) 16:09:32
synchronous sendにすりゃいいのと違う？
0123デフォルトの名無しさん
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2006/03/12(日) 21:03:03
MPI_Sendだと送信バッファにコピーした状態で戻る実装が多いっぽいね。
↓にモードの説明が。
http://www.mpi-forum.org/docs/mpi-11-html/node40.html

MPI_Ssendがない実装もあるようだし、返答をMPI_RecvかMPI_Barrierするのが確実じゃない？
バンド幅を測るとかの場合、受信が完全に終了したのを確認するにはこれしか方法がなさげ。
0124http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se072729.html
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2006/03/18(土) 21:10:21
TextSS　のWindowsXP(Professional)64bit化おながいします

もしくは64bitにネイティブ対応したテキスト置換ソフトありますか？

そういや64bitにネイティブ対応している２ｃｈブラウザてありましたっけ？



0126デフォルトの名無しさん
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2006/03/24(金) 20:00:53
MPICH2のWindows版を使っているのですが、
以下のようなプログラムでも時間が３秒かかります。（VC++、IntelC++とも）
MPI_Finalizeの終了処理に時間がかかっているようですけど
対策をご存知の方いっらいしゃますすか。

#include "mpi.h"
int main(int argc, char **argv) {
MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Finalize();
return 0;
}
0127デフォルトの名無しさん
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2006/04/13(木) 06:48:21
ノンブロッキング通信というのは、簡単に言うとどういうものなのでしょうか？
0128デフォルトの名無しさん
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2006/04/13(木) 08:13:11
バックグラウンドで通信処理をさせることで
一度に複数の相手と通信したり、
通信中に別の計算させたりするもの
0130デフォルトの名無しさん
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2006/05/11(木) 15:37:35
hoshu
0131デフォルトの名無しさん
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2006/06/02(金) 08:31:40
あまり大きなサイズで一度に通信しようとすると、デッドロックするのは仕様ですか？
0133デフォルトの名無しさん
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2006/07/30(日) 21:08:39
ちょ・・・こんな有益なスレがあったなんて。。
明日からmpi使うらしいんで勉強してきます
0134・∀・）っ-○◎● ◆R.I.S.K.0.
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2006/07/30(日) 22:45:31
John the RipperのMPI対応版出たけど
アレって単にプロセス間通信やるだけよね？

プロセスレベルマルチタスクであってスレッドレベルマルチタスクじゃないよね？
0135デフォルトの名無しさん
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2006/09/05(火) 22:49:52
Linuxにmpich-1.2.3を突っ込んで
int main(int argc, char **argv){
int procs, id;
MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &id);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &procs);
printf("#### %d, %d ####\n", id, procs);
MPI_Finalize();
return 0;
}
なmain.cソースファイルを生成し，
mpicc main.c
mpirun -np 1 a.out
したところ
0 - <NO ERROR MESSAGE> : Could not convert index 1140850688 into a pointer
The index may be an incorrect argument.
Possible sources of this problem are a missing "include 'mpif.h'",
a misspelled MPI object (e.g., MPI_COM_WORLD instead of MPI_COMM_WORLD)
or a misspelled user variable for an MPI object (e.g.,
com instead of comm).
[0] Aborting program !
[0] Aborting program!
p0_11706: p4_error: : 9039
と言われてしまいました．
fortranプログラムでもないし，COMMをCOMと打ち間違えてもいないし……というわけで，原因・解決方法をご存知の方おりましたらご教授くださいませ．
0136135
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2006/09/05(火) 23:46:15
mpich-1.2.7拾ってきてぶっこんだら動きました．
吊ってきます．
0138デフォルトの名無しさん
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2006/11/16(木) 01:19:10
MPICH2をFedora Core3にて実行しようとしています。
mpdはローカルであれば、正常に起動してicpiなどきちんつ動いているのですが、
ネットワーク越しのリモートで分散させようとすると（mpdboot, rshに書き換え済み）
動作しません。

failed to ping mpd ...といったエラーがでます。

ちなみにrshは単体ではパスワードなしで動作しています。

Fedoreの設定はファイヤーウォールはインストールしていますが、
「ファイヤーウォールは無効」でやっています。

むしろmpdというよりもFedoraの設定のような気がしますが、同様な症状を
経験された方はおられますでしょうか？
0139デフォルトの名無しさん
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2006/11/28(火) 16:48:25
WindowsXPのVC環境で、3次元空間内におけるある種のシミュレーションプログラムを作って、
それをLinux fedora3のgccとMPI環境で並列化しました。
いまのところWin１CPU版とFedoraMPI版は同じ結果を出してくれるので、いいのですが、
ソースをメンテナンスするときに、まず１CPU版で試して、それをMPI版に移植する作業
が結構わずらわしいので困っています。
MPI版はシミュレーション空間をｎ分割(n≧2)する仕様になっているので、n=1として
Windows上で動かすことはできません。
そこで思ったのですが、DUAL COREのWindowsマシンならば、そこにMPICH2をインストールして、
n=2で動かせば、CPUも2個使えるし、今後、MPI版のみメンテナンスすれば、fedoraでも
Windowsでもソースを共通化できるので、楽になると思ったのですが、この作戦、
どうでしょうか？何か注意すべき点などありましたら、アドバイス御願いします。
0142デフォルトの名無しさん
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2006/11/30(木) 10:50:29
>141
ありがとございます。やってみます。

ところで、MPIプログラムのデバッグって、皆さんどういうふうにやっていますか？
私にはとても難しいです。というのは、エラー発生しても、どこかのnodeでエラーが
起こった程度のことしかわからないので、怪しげなところにprintfを沢山いれて探し
出すという泥臭い方法でやっています。
一方WindowsのVCの環境だとDebuggerでSTEPで一行ずつ実行できるので、便利なのですが、
MPIプログラム開発でも、でも何かそういう統合的な開発環境や高性能なDebuggerって
あるのでしょうか？
0144デフォルトの名無しさん
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2006/12/02(土) 21:56:05
>143
ほんまかいな？
0149デフォルトの名無しさん
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2006/12/04(月) 11:56:46
>146
>Windows Compute Cluster Server 2003
これを買わないとWindowsXPでMPIはできないの？
0150デフォルトの名無しさん
垢版 |
2006/12/04(月) 15:24:37
mpiCCでHUGE_VALがあると、

huge-test.cpp(11): warning #1188: floating-point value cannot be represented exactly
double a=HUGE_VAL;

とワーニングが出るんだけど、どうしたらいいかな？？
0151デフォルトの名無しさん
垢版 |
2006/12/24(日) 01:09:15
関数の引数として自分のタスクIDを渡して、その関数の中で受け取ったIDによって
判別して処理を書き換えるという方法に問題はあるでしょうか？
また一般的ですか？
それとも処理ごとに書き換えた関数を用意して、
呼び出す側でIDによって呼び出す関数を変えた方が良いのでしょうか？

ご回答よろしくお願いします。
0154デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/01/14(日) 01:14:46
MPICH 1.2.5 でWindowsマシン２台でプログラムを動かそうとしたのですが、
以下のようなエラーを吐いてしまいました。
どなたか原因がわかる方いませんでしょうか。
pingでお互いのホストは認識されています。

>ERROR: The root process on "hostname" has unexpectedly exited. Exit code = -1073741515
0155デフォルトの名無しさん
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2007/01/14(日) 13:35:32
>>154
[hostname]ユーザーが登録されてるクラスタのプロセスがおかしいって言ってるね
もうちょっと構成とか詳しく
0156デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/01/14(日) 16:33:20
>>155
レスありがとうございます。
大学の研究室のマシン（XP)で、お互い同じワークグループに入っているようです。
構成についてもっと詳しく書きたいのですが、
どのように調べてどういった情報を書けばいいのか教えていただけますか？
よろしくお願いします。
0157154
垢版 |
2007/01/15(月) 19:54:35
154です。
調べたのですがやはりよくわかりません。
>>156で同じワークグループだと書きましたが、それは関係ないみたいですね。
研究室のマシンがどのようにつながっているのか良くわからないのですが、
共有フォルダで互いのファイルを参照できたり同じワークグループに入って
いたりしたので、MPICHも問題なく動くものだと勘違いしていました。
WindowsでMPIを使う場合の構成の仕方が載ってるサイトの情報でも
とてもありがたいので、どなたかご教示願いいたします。
0158155
垢版 |
2007/01/15(月) 22:07:54
>>157
ttp://www.google.co.jp/search?num=100&hl=ja&rls=GGGL%2CGGGL%3A2006-29%2CGGGL%3Aja&as_qdr=all&q=MPI+windows+filetype%3Apdf&btnG=Google+%E6%A4%9C%E7%B4%A2&lr=
googleでpdf検索すればどう設定すればいいか結構でてくるよ
あとMPIプログラミングやるなら虎の巻は読んどいた方がいいね、まあ健闘を祈る！
ところでCPUは何使ってる？
0159154
垢版 |
2007/01/16(火) 00:20:12
>>155
レスありがとうございます。
リンクのトップに出てくるサイトで設定をしていてできなかったのです。
で、いじくってて気づいたのですが、ユーザーズガイドのシステム要件を見たら、
WindowsのHOME EDITIONは使えないのですね・・・
これはMPICH2を使えばいいのでしょうか。
MPICH2のほうのユーザーズガイドみたら特にPROに限るような記述はなかったので
HOMEでもいけるのですかね？

あと、CPUですがPentium4を使っています。
0160デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/01/16(火) 02:37:19
>>159
Homeか・・・そりゃ無理だ
デュアルブートでLinux入れる気無い？何に使うかわからんがWindows環境を捨てるのも
一つの手だよ、ただMPIを動かしたいんならKnoppix MPIとか使うと簡単に起動できる
ttp://kagakububuturi.hp.infoseek.co.jp/
・・・つーかこれ高校生が作ったにしちゃあよくできてるよな
後Knoppix-MPIで使ってるMPIはLAM-MPIのほうだからMPICH使いたいならあわないかも
ttp://www20.atwiki.jp/mynote/?page=mpi
適当ですまん (;´Д`)／
0161154
垢版 |
2007/01/23(火) 03:52:37
>>160
レス遅れてごめんなさい。
実はあれからMPICH2でやってみたところ、WindowsHomeでも動かすことができました！
たくさん相談にのっていただきありがとうございました。
ただ、今回４台で並列化行う予定なんですけど、
１台だけうまくいかないマシンがあってまた困っています。
他のマシンで２台でやってみると正常に実行できるのに、そのマシンを入れて行うと
"abort: Unable to connect to <hostname>"と出てしまいます。
設定は他のマシンと同じようにしてるつもりなのですが。
ようやくできるようになったと思ったのに、色々問題出てきますね・・・
0162デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/01/23(火) 15:13:21
>>161
WinのMPICH2は使った事無いが<hostname>って言うノードが登録されてないんじゃないか？
ttp://www.imslab.co.jp/Product/eem/parallel/faq.htm
上のページの一番下が原因かも
あとMPI組んだならHPL(Linpack)ベンチマーク走らせて結果うp！
0163154
垢版 |
2007/01/24(水) 02:08:24
>>162
レスありがとうございます！
ご指摘のとおり、アカウント名が原因でした。
あとベンチマークですが、、、余裕があったらやってみます、ｽﾐﾏｾﾝ^^;
0164デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/01/30(火) 17:50:05
あるプロセッサが持っている行列内の1列をまとめて別のプロセッサに送りたいんですが
どのような関数を使えばいいでしょうか？
0166デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/01/31(水) 15:24:23
共有変数を用意したいのですがどうすればいいですか？
0168デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/02/05(月) 09:33:01
MPICH2でwindowsを2台動かそうとしているんですが、
wmpiconfig.exeでapplyボタンを押しても

<ホスト名>
Credentials for <アカウント名> rejected connecting to <ホスト名>
Aborting: Unable to connect to <ホスト名>

と表示されて設定できません。
アカウント名とパスワードは2台とも同じものを設定していて、
ファイアーウォールも切っています。
pingでもお互いを認識しています。
どなたか原因分かる方よろしくおねがいしますm(_ _ )m

マシン構成は
winXP HOME PEN4 1.6GHz
winXP PRO PENIII 800MHz
です
0169デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/02/26(月) 22:15:01
MPI_Finalizeを呼んだら制御が返ってこなくなったんですが、
何か原因に心当たりのある方はおられませんか。

printf("before\n");
MPI_Finalize();
printf("after\n");
これをやったらbeforeしか表示されません。

ちなみにmpich-1.2.7@SUSELinux10.2です。
0171169
垢版 |
2007/02/27(火) 03:48:13
NFSで共有していないファイルから問題設定を読んでいて、
PC毎にパラメタが変わってこけていたという罠。

吊ってきます
Λ||Λ
0172デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/03/13(火) 00:51:59
並列計算に興味あるのですが、単に処理するデータを分割、各PCで計算、最後に統合するのでは
なく、PC毎に別のデータを別の処理方法で行っていて、あるPCの処理結果が別の処理中のPCの処
理に割り込んで処理方法を変えるなどということは出来るのでしょうか？
0173デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/03/20(火) 23:06:11
自作のC++プログラムの並列化をしています。
MPI_Finalizeを呼ぶタイミングについて疑問があります。

MPI_Finalizeをmainの末尾で呼べば無事に終わるのですが、
Singletonクラスのデストラクタの中で呼んだら落ちてしまいました。

main を抜けた後に呼んではいけないでんしょうか？
環境は、MPICH2、Win XP SP2、Visual Studio 2005 です。
0174デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/05/06(日) 03:28:13
MPI_Gatherなどで、転送するデータタイプはMPI_DOUBLEなどで指定しますが、
データタイプがテンプレートに指定されたデータタイプによって変わる場合、
どのように設定したらよいのでしょうか？
0175デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/05/19(土) 08:51:23
平凡な方法ですが、
template<typename T> class MpiConst{};
template<double> struct MpiConst
{
  static const int TYPE = MPI_DOUBLE;
};

と特殊化をしておいてから、目的の template を作る
のは、どうでしょう。

これは、MpiConstを隠蔽する改良案です。
class Base
{
protected:
  Base();
  ~Base();

  static const int TYPE = MPI_DOUBLE;
   // 以下、MpiConst の定義・特殊化
};

template<typename T> TargetClass: protected Base
{ ... };

0176デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/05/19(土) 09:14:10
↑すみません。class Base の中の
static const ... の行を消し忘れました。
0177デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/05/21(月) 07:56:54
openmpの場合、#ifdef _OPENMPでopenmpを使ってコンパイルしている
場合とそうでない場合に別々のコードを書くことができますが、
MPIの場合はどのようにしたらよいのでしょうか？
0178デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/06/09(土) 16:58:36
このスレではPCクラスタのシステム障害（とくにハード）について経験ある方も
少なくないと思うので、お尋ねします。

1年前に構築した16ノードクラスタ(ディスクはNFS共有、ギザイーサ）が、
最近頻繁にp4_errorを起こすようになりました。
とりあえず疑わしいところからパーツを取り替えまくったのですが、全く改善しません。
特定ノードというより全体的にパラパラと障害が発生してるので、もしやネットワークかな
と思ったのですが、ネットワークに問題があるなら、rloginやsshのセッションやNFS
の読み書きにも障害が出ると思うのですが、特に問題は出ていないようです。
MPIで並列したときに限って発生します。
これからネットワークの交換を検討していますが、何かアドバイス頂けいたら幸いです。

ちなみに1年間はほぼ問題なく使えており、他の計算機でも実績があるので
プログラム側の問題ではないです。
0179デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/06/22(金) 11:04:41
MPI_Finalizeを行わずに終了した場合、どのような問題が起きる可能性がありますか？
0181デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/06/24(日) 14:51:42
>>178
今頃気付いたが、ギザイーサﾜﾛｽ
巨大王墓間を高速インターコネクトで結んで世界の七不思議にでも入れたいノケ?
0189デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/07/02(月) 16:57:33
現在boostのuBlasを使って逆行列を解いています。
MPIを使ってさらに大規模な行列を計算させたいのですが、お薦めのライブラリを教えてください
0190デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/08/12(日) 20:42:39
どなたかPS3でmpich2やってるひといません？

fedora5でひととおりmpich2をインストール、設定後に実行するとこんなんで
て困ってます。

# mpirun -n 1 date
mpiexec_ps3slave1 (send_dict_msg 632):send_dict_msg: sock= errmsg=:(32, 'Broken pipe'):
mpdtb:
/usr/local/bin/mpdlib.py, 632, send_dict_msg
/usr/local/bin/mpirun, 250, mpiexec
/usr/local/bin/mpirun, 1399, ?

mpiexec_ps3slave1: mpd_uncaught_except_tb handling:
exceptions.KeyError: 'cmd'
/usr/local/bin/mpirun 255 mpiexec
elif msg['cmd'] != 'response_get_mpdrun_values':
/usr/local/bin/mpirun 1399 ?
mpiexec()

どなたか御力をおかしください。
0191190
垢版 |
2007/09/03(月) 22:06:14
自己解決しました。Fedoroa 6を入れなおして、mpich2を入れなおしたら
いけました。

他にps3でクラスタやってる人の例をネットなどでみていると、結構Fedora 5で
やってる人がいるから、OSの違いでうまくいったというよりも、初回のmpiの
インストール時の設定に問題があったのかもしれません。以上。
0192デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/09/10(月) 01:30:38
MPIでJUnitみないなテストできんの？
知ってるひといたら教えてくれい
0193デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/09/12(水) 04:50:40
>>192
こんなのあった
自分は使ったことないが

ttps://sourceforge.jp/projects/mpiunit/
0194デフォルトの名無しさん
垢版 |
2007/09/23(日) 03:05:43
>>193
つかってみたぞ
いがいとべんりだった
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