0001デフォルトの名無しさん
NGNGとりあえず本家
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/
探検
Message Passing Interface (MPI) 統合スレ
■ このスレッドは過去ログ倉庫に格納されています
とりあえず本家
http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/
0295.
2009/02/03(火) 16:56:38>>288から得られる情報は>>289くらいしかないだろう、実際。
0296デフォルトの名無しさん
2009/02/04(水) 21:26:54エスパー回答だが、コンパイル時にmpiccを使ってないとか?
0297デフォルトの名無しさん
2009/02/04(水) 21:43:21反映されるのかな? ちょいスクリプトのタイポして、書き換えたい
のだが… 64CPUなのにSIZEの所に8と書いてしまった…
今の時期、QUEUEに順番待ちが多くて、再投入すると多分一週間後
になるんだ。
---------
cd ${QSUB_WORKDIR}
SIZE=64
C=1
while [ ${C} -lt 10 ]; do
echo -n STEP${C}: ; date
mpiexec -n ${SIZE} ./a.out ${C}
let C=C+1
done
echo -n DONE: ; date
----------
0298294
2009/02/05(木) 10:25:412chにソースはあげたくないので、メール頂けると助かります。
0299デフォルトの名無しさん
2009/02/05(木) 13:19:21いくら払うんだ？
0300デフォルトの名無しさん
2009/02/05(木) 22:34:17どうせ卒論だろ。研究室の先輩に聞けよ。
0301デフォルトの名無しさん
2009/02/22(日) 17:59:18マスタが"TERMINATE"をタグにつけて送るまでの間、スレーブは無限ループでメッセージを受信し続ける。その間、一定の処理毎にマスターとスレーブの
プロセス間で同期を取らせたい。しかし、同期を取らせたい処理はマスタープロセスのif文内にあるので、実行しても効果はない。（つまり、(1)でBcastをやっても反映されない。勿論(2)は反映される）何かいい方法はありますか？
（コードは途中省略）
MPI_Datatype newtype;
MPI_Type_contiguous(sizeof(struct abc), MPI_BYTE, &newtype);
MPI_Type_commit(&newtype);
int k, j, r;
srand((unsigned)time(NULL));
r=rand()%10+1;
if(mype==0) {
for(j=0; j<100; j++) {
for(k=0; k<r; k++) {
MPI_Send(&kp[0], 1, newtype, 1, CONTINUE, MPI_COMM_WORLD);
}
//(1) MPI_Bcast(kp, 3, newtype, 0, MPI_COMM_WORLD);
}
MPI_Send(&kp[0], 1, newtype, 1, TERMINATE, MPI_COMM_WORLD);
} if(mype==1) {
do {
MPI_Probe(0, MPI_ANY_TAG, MPI_COMM_WORLD, &stat);
if(stat.MPI_TAG==CONTINUE) {
MPI_Recv(&kp[0], 1, newtype, 0, CONTINUE, MPI_COMM_WORLD, &stat);
}
} while(stat.MPI_TAG==CONTINUE);
}
//(2) MPI_Bcast(kp, 3, newtype, 0, MPI_COMM_WORLD);
0302デフォルトの名無しさん
2009/03/11(水) 02:46:50概ね、ここに書いてあるようにやりました。
（使いたいのはfortranなのでfortranの設定は別にやっときました）
ここの一番下のサンプルコードをビルドしようとすると以下のエラーが出ます。
warning C4627: '#include "mpi.h"': プリコンパイル済みヘッダーの使用を検索中にスキップされました 行;1
warning C4627: '#include <iostream>': プリコンパイル済みヘッダーの使用を検索中にスキップされました 行;2
fatal error C1010: プリコンパイル ヘッダーを検索中に不明な EOF が見つかりました。'#include "stdafx.h"' をソースに追加しましたか? 行:18
また、fortranのコードを自分で書いてビルドしようとすると、以下のようなエラーが出ます。
fatal error LNK1181: 入力ファイル 'mpilib.obj' を開けません。
どこが間違ってるんでしょうか？環境はvisual studio2008とvisual fortran11です。
0303302
2009/03/11(水) 02:59:26http://ums.futene.net/wiki/Paralell/4D5049434832206F6E2057696E646F7773204C6F63616C.html
0304デフォルトの名無しさん
2009/03/12(木) 02:12:20> #include <iostream>
> int main(int argc,char **argv)
これのどこがFortran…
0305デフォルトの名無しさん
2009/03/12(木) 18:40:57いや、すみません、上はCのサンプルコードをビルドしようとしたときのことです。
「また、fortranの…」以降が自分で書いたfortranのコードをビルドしようとしたときです。
分かりにくくて申し訳ないです。
0306デフォルトの名無しさん
2009/03/12(木) 19:24:10プロジェクトのプロパティの
Configuration Properties → C/C++ → Precompiled Headers → Create/Use Precompiled Header
を Not Using Precompiled Headers にすればいいと思われ。
（VC++ で C のプログラムをコンパイルするときによくハマる罠です。）
これは英語版の VC++ 2008 の表記だけど日本語版にも該当する項目があるはず。
0307302
2009/03/12(木) 20:45:54Cの方は出来ました！ありがとうございます。
0308デフォルトの名無しさん
2009/03/12(木) 21:26:09ライブラリが足りないとかそんな次元が自己解決できないようなら。
KNOPPIXに入ってたりするからとりあえずそれで試してみれば。
0309デフォルトの名無しさん
2009/03/12(木) 23:17:29動いて良かったね。Fortran の方は俺は使ったことないので単なる予想だけど
mpi.lib の点（ピリオド）が抜けてて mpilib → mpilib.obj と解釈されてるのでは。
あと mpi.lib と一緒に fmpich2.lib も要るかも。
>>308
普段 Windows で暮らしていると実行してデバッグできる MPICH2 for Win32 は
とっても便利ですよー。多少苦労しても使う価値があると思います。Windows
マシンはありふれているので手近の PC をかき集めて“なんちゃってクラスタ”を
作るといったことも案外簡単にできます。
0310デフォルトの名無しさん
2009/03/13(金) 07:00:15もともと、リモートにlinuxが入っててmpiが使える計算機はあるんですが、ちょっと楽して
開発したかったので。情けない話ですがCUIは苦手なんで出来る限り避けてます…
と言おうと思ったらKNOPPIXってGUIなんですね。そんなのもあったんですね。
>>309
全ておっしゃるとおりでした。お恥ずかしいです。
後から僕のようなレベルの人がここに来た場合のために経過を書いときます。
mpi.libに直したところ、未解決のシンボル云々というエラーが出てきたので、
fmpich2.libを追加したらビルドが成功しました。その後、実行しようとすると、
mpiexec.exeが見つかりません、と出ました。C:\Program Files\MPICH2\bin\への
パスは通っているので、プロジェクトのプロパティ→コマンド のところにはmpiexec.exe
とだけ書いておいたんですが、念のためC:\Program Files\MPICH2\bin\mpiexec.exeと
フルパスにするとちゃんと動きました。パスが通ってても上の指定じゃだめなんですね。
ちなみにデバッグ無しで実行すると問題なく出来るけど、デバッグ開始を選択すると
デバッグ情報が見つからないか、または一致しませんってエラーが出ました。
要するにブレークポイントとか関数ウオッチとかあのあたりが使えないってことですかね。
もはやmpiの質問でも無さそうなんで、も少し調べてみることにします。
ところで参考までにお聞きしたいんですが、309さんはどういう環境で使ってらっしゃるんでしょうか？
0311302
2009/03/13(金) 07:02:25書いてあったんですよね。まるっきり見落としてました。ほんとに申し訳ない。
0312デフォルトの名無しさん
2009/03/13(金) 10:23:00309ですが使っている環境は何の変哲もないですよ。
Windows XP に MPICH2 と Visual Studio 2008 Express Edition を入れてます（あと MinGW も）。
用途は数値シミュレーションで、Windows PC で小さな問題サイズで実行できるところまで作って、
Linux クラスタに移して大きな問題サイズで実行、実験データを採るというパタンが多いです。
クラスタの計算ノードはマルチコアなので OpenMP も併用しています。
最近書いたコードは、逐次、OpenMP 並列、MPI 並列、OpenMP + MPI ハイブリッド並列の
4つのバージョンを同じソースから条件コンパイルで生成できるようにしました。
VS 2008 EE では OpenMP をサポートしているので、MPICH2 と組み合わせることで
複数の並列化の方法を実際に試して性能のいいものを選ぶという芸当が Windows 上でもできます。(^^)
ああ、そうだ、Windows 上で実行できることのメリットを1つ思い出しました。
上述のコードは逐次プログラムとしてコンパイルしたときにはデバッグ用の GUI を表示して
操作できるようにしました。同じことは Linux クラスタから X の窓を飛ばすことで実現できますが
クラスタの計算ノードに X ライブラリが入っていなかったり Windows 側に X サーバが必要だったりで
何かと面倒です。かかる手間が少ないという点で Windows で実行できることに意味があると思いました。
0313デフォルトの名無しさん
2009/03/13(金) 19:04:32動作しません。日本語の文献が極端に少ないので英語のサイトを見ながらやっているのですが、
サンプルコードが難しいものが多く理解出来ていません。まずはシンプルに、プロセス１の変数aを単純にプロセス０
の変数aにコピーしたいだけなのですが、MPI_Send/MPI_Recvを使わずにMPI_Getを使うにはどのように書けばいいでしょうか？
下のコードのどこがおかしいのかご指摘下さい。
ttp://www.dotup.org/uploda/www.dotup.org1347.c.html
0314313
2009/03/14(土) 05:12:500315302
2009/03/14(土) 18:05:44ありがとうございます。
あー、その環境だと完全にタダで構築できるってことですよね。自宅のＰＣはそれでチャレンジしてみようかな…
OpenMP+MPIって性能出ます？先生に相談したら最初からMPIで書いた方がいいよ、と言われて鵜呑みに
してたんですけど。今まで基本的に学校で用意されてる環境をそのまま使うだけというぬるま湯に使ってきたんで
これからは多少そのへんも自分で勉強してみます。
0316デフォルトの名無しさん
2009/03/14(土) 19:15:30312に書いたアプリの場合は、実環境で試したところ OpenMP+MPI は素の MPI よりわずかに
遅いかほとんど同じという結果でした。
もっとも、どちらの性能がいいかは問題、ハードウェア、ソフトウェアなどに依存しますし、
最終的にはやってみないと分かりませんので、可能性があると思ったら試す価値があります。
ハイブリッド並列化に興味があるのでしたら次の記事が参考になると思います。
T2Kオープンスパコン（東大）チューニング連載講座(その5)
OpenMPによる並列化のテクニック：Hybrid並列化に向けて
http://www.cc.u-tokyo.ac.jp/publication/news/VOL11/No1/200901tuning.pdf
0317デフォルトの名無しさん
2009/03/14(土) 19:17:510318デフォルトの名無しさん
2009/03/21(土) 22:47:300319デフォルトの名無しさん
2009/03/22(日) 05:57:00Windows SDK for Windows Server 2008 and .NET Framework 3.5 を一緒に入れると使えます。
参考：http://tech.ckme.co.jp/vc.shtml
0320デフォルトの名無しさん
2009/04/02(木) 20:54:42メイン又はサブにMPI＿INIT〜MPI_FINALIZE及び計算式を一括して含む場合は
問題なくプログラムは動きますが、メインにMPI_INIT〜MPI_SIZEを
サブにMPI_SEND、MPI_RECV、MPI_BCAST等と計算式を分離した場合、
リンクはできますが、実行時OSがエラーを発行し動きません。
そこで’MPI_COMM_WORLD’をメインでラベルつきCOMMONで確保し
サブに渡すと、OSからのエラーメッセージはなく実行は出来ますが、
今度は’MPI_COMM_WORLD’からINVARID DATA TYPEが発行され、
値が上手く通信できません。ご指導願います。
0321デフォルトの名無しさん
2009/04/03(金) 03:39:48rank2が205~300個目の速度の計算を受け持ったとします。で、計算が終わった後、
自分が受け持った分の分子の速度をそれぞれ別の全てのプロセスに渡したいとします。
ちなみにそれぞれのプロセスが受け持つ個数も総数も計算中に変動するので、
それぞれのプロセスの最初の分子の番号をista_mol、もってる個数をnum_mol
n個目の分子の速度をvel_mol(n)として、
do n=1,3
CALL MPI_BCAST(vel_mol(ista_mol),num_mol,MPI_REAL8,n,MPI_COMM_WORLD,IERR)
end do
とやらかすと、それぞれのプロセスが持っているista_mol,num_molの値が違うので絵
受信側と送信側のアドレスと要素数がずれて困ったことになりますね。
この場合、ista_mol(n),num_mol(n)とでもしてそれぞれ別の値として持たせて、
（ista_mol(1)にrank0の値を、ista_mol(2)にrank1の値を…）
do n=1,3
CALL MPI_BCAST(vel_mol(ista_mol(n)),num_mol(n),MPI_REAL8,n,MPI_COMM_WORLD,IERR)
end do
とでもしないとダメなんでしょうか？どう考えてももっとスマートなやりかたが
ありそうなんですがどうなんでしょうか？どなたか教えていただけませんか？
0322デフォルトの名無しさん
2009/04/03(金) 12:07:030323デフォルトの名無しさん
2009/04/05(日) 04:03:40MPI_ALLGATHERVはよくわからないんですが、今見た感じだと受信バッファ内の
位置は指定しないといけないんですよね？とすると結局他のプロセスが持っている個数に
関してはこの通信の前に教えてやる必要があるということになるでしょうか？
0324デフォルトの名無しさん
2009/04/05(日) 08:34:210325デフォルトの名無しさん
2009/04/05(日) 15:13:03num_molを個別に持たせる必要がある以外はほぼ上の形で書けそうですね。
mpi_allgathervなら送信バッファと受信バッファ個別に指定できるので
送信の開始アドレスをずらして指定して大丈夫なんですよね？
それと別の質問なんですが、mpich2をマルチコアcpu一個のマシンでで使う場合って
mpiconfigでホストのところに動かすマシンを追加するほかは特に設定いらないでしょうか？
あとは -np 4 をつけて実行するだけ？なんか単純な問題でも妙に遅いんですが…
キャッシュとかはCPU側で勝手に最適化して使ってくれてるんですかね？
0326デフォルトの名無しさん
2009/04/06(月) 02:44:25int num_mol; // 各プロセスが持つ分子の数
double vel_mol[...]; // 分子の速度の配列。要素数は num_mol
int recvbuf_num_mol[NUM_PROCS];
int displs_vel_mol[NUM_PROCS];
double recvbuf_vel_mol[TOTAL_NUM_MOL];
// 1. まず各プロセスが自分の num_mol を他のプロセスに送る
// recvbuf_num_mol[i] にはランク i の num_mol が入る
MPI_Allgather(&num_mol, 1, MPI_INT, recvbuf_num_mol, 1, MPI_INT, MPI_COMM_WORLD);
// 2. recvbuf_num_mol から ALLGATHERV に必要な displs_vel_mol を作る
count = 0;
for (i = 0; i < NUM_PROCS; i++) {
displs_vel_mol[i] = count;
count = count + recv_num_mol[i];
}
// 3. 上記 1. で得た recvbuf_num_mol と 2. で得た displs_vel_mol を使って
// 各プロセスが自分の vel_mol (サイズ不定の配列) を他のプロセスに送る
MPI_Allgatherv (vel_mol, num_mol, MPI_DOUBLE, recvbuf_vel_mol, recvbuf_num_mol, displs_vel_mol, MPI_DOUBLE, MPI_COMM_WORLD);
マルチコアマシン1台で並列実行する場合は
-machinefile オプションに与えるファイルに localhost:4 のように記述するか
-machinefile オプションを使わずに mpirun -localonly 4 のように実行すると
良いような気がします。
0327デフォルトの名無しさん
2009/04/08(水) 01:08:390328デフォルトの名無しさん
2009/06/03(水) 17:15:01今だとOpenMPIとMPICH2のどちらを勉強すればいいのだろう
Mac OS X LeopardにはOpenMPIがもれなくついてくるらしいのだが
MPICH2とどう特徴が異なるのかを見極めて判断したいのですが・・・
0329デフォルトの名無しさん
2009/06/03(水) 23:59:12MPIの実装に依存するようなプログラムでも作る気かい？
0330お願いします
2009/06/18(木) 20:47:03f(x)=x*xの0~1の積分なんですが、答えが通常0.3333となるはずですが
なぜ以下のプログラムだと違った答えがでるのでしょうか？
すみません、どなたか教えていただけないでしょうか？
ちなみにプログラムはよくあるMPI(倍風館)の本のものです。
実行すると0.000488のような値がでてきます。困っています。
どうやれば0.3333みたいな値を得ることができるでしょうか？
0331お願いします
2009/06/18(木) 20:53:12#include <mpi.h>
main(int argc, char** argv) {
int my_rank; /* カレントプロセスのランク */
int p; /* プロセスの数 */
float a = 0.0; /* 全積分区間の左端 */
float b = 1.0; /* 全積分区間の右端 */
int n = 1024; /* 台形の全個数 */
float h; /* 台形の底辺の長さ */
float local_a; /* 本プロセスの積分区間の左端 */
float local_b; /* 本プロセスの積分区間の右端 */
int local_n; /* 本プロセスの台形の数 */
float integral; /* 本プロセスの積分 */
float total; /* 全積分値 */
int source; /* 積分を送るプロセス */
int dest = 0; /* すべてのメッセージは0へ */
0332お願いします
2009/06/18(木) 20:53:55MPI_Status status;
/* ローカルな積分を計算する */
float Trap(float local_a, float local_b, int local_n, float h);
/* MPIの初期化 */
MPI_Init(&argc, &argv);
/* カレントプロセスのランクを求める */
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &my_rank);
/* プロセスの数を求める */
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &p);
h = (b-a)/n; /* hはすべてのプロセスで同じ */
local_n = n/p; /* したがって台形の数も同じ */
/* 各プロセスの積分区間の長さはlocal_n*hである。 */
/* 本区間は次から始まる */
local_a = a + my_rank*local_n*h;
local_b = local_a + local_n*h;
integral = Trap(local_a, local_b, local_n, h);
0333お願いします
2009/06/18(木) 20:54:39if (my_rank == 0) {
total = integral;
for (source = 1; source < p; source++) {
MPI_Recv(&integral, 1, MPI_FLOAT, source, tag, MPI_COMM_WORLD, &status);
total = total + integral;
}
} else {
MPI_Send(&integral, 1, MPI_FLOAT, dest, tag, MPI_COMM_WORLD);
}
/* 結果のプリント */
if (my_rank == 0) {
printf("With n = %d trapezoids, our estimate\n", n);
printf("of the integral from %f to %f = %f\n", a, b, total);
}
/* MPIを閉じる */
MPI_Finalize();
} /* main */
0334お願いします
2009/06/18(木) 20:55:45float local_a /* 入力 */,
float local_b /* 入力 */,
int local_n /* 入力 */,
float h /* 入力 */){
float integral; /* 積分値 */
float x;
int i;
float f(float x); /* 被積分関数 */
integral = (f(local_a) + f(local_b))/2.0;
x = local_a;
for (i = 1; i <= local_n-1; i++) {
x = x + h;
integral = integral + f(x);
}
integral = integral*h;
return integral;
} /* Trap */
float f(float x) {
float return_val;
/* f(x) を計算する */
/* return_val に計算結果を入れる */
return_val = x * x;
return return_val;
} /* f */
0335お願いします
2009/06/18(木) 20:57:04http://tetralog.in/t/?date=20060118
本当よろしくお願いします。
0336デフォルトの名無しさん
2009/06/19(金) 00:14:35積分が間違ってるのか送受信でやらかしてるのか区別つくだろ。
この程度のことくらいやってから他人に聞けば？
0337デフォルトの名無しさん
2009/06/19(金) 14:08:34手元で実行してみたが
$ mpirun -np 2 ./a.out
With n = 1024 trapezoids, our estimate
of the integral from 0.000000 to 1.000000 = 0.333333
となったぞ。ハードウェアの構成は何だ？
0338お願いします
2009/06/19(金) 19:45:20PCクラスタ環境は
Fujitsu PRIMERGY RS200 ×16台
Xeon 3.20GHz/L3:1MB ×2
2GBメモリ
146.8GB HDD ×2（RAID1利用のため実効はこの半分）
73GB HDD ×5（RAID5利用のため実効はこの4/5）
こんな感じです。
0339お願いします
2009/06/19(金) 20:10:050340デフォルトの名無しさん
2009/06/19(金) 21:01:54だからよ、まずは積分単体が戻す答えを見て見ろっての。
どうせなにかの打ち間違いだろ。
0341デフォルトの名無しさん
2009/06/19(金) 21:04:22自分で問題切り分ける意思がゼロだな。
0342デフォルトの名無しさん
2009/06/20(土) 04:41:49まずはMPI部分を全部削って1CPUで動かしてみろよ。
0343お願いします
2009/06/20(土) 12:43:170344デフォルトの名無しさん
2009/06/20(土) 18:44:420345デフォルトの名無しさん
2009/06/20(土) 18:45:150346デフォルトの名無しさん
2009/06/21(日) 07:22:30もちろんプログラムにもよるでしょうが、InfiniBandに投資するだけの価値はありますか？
0347デフォルトの名無しさん
2009/06/27(土) 19:20:41自分のGigabit環境で、MPIプログラムの通信部分と演算部分の比率を出してみれば、
InfiniBand環境でどれくらい改善するか、予測が付くだろう。
あと、B/F値への要求が高いコードでは、マルチコア環境で、メモリアクセス速度により、
並列化効率がでない場合も多いので、この点も注意した方がいい。
0348デフォルトの名無しさん
2009/07/06(月) 06:59:07今まで、すべてのノードでSendを先に書いていたのですが、とくにデッドロックしたことはありません。
OSか何かに依存するのでしょうか？
0349デフォルトの名無しさん
2009/07/06(月) 21:10:54MPIの仕様なのでOSには依存しません。
別に偶数ノードと奇数ノードとか関係ありません。
送信と受信が対になって実行されないといけないだけです。
ノンブロッキング通信なら送信、受信動作が完了しなくても戻ってきますが、
別の関数で送受信が完了しているか確認をとる必要があります。
0350デフォルトの名無しさん
2009/07/06(月) 21:46:09どの本のどういう記述よ
0351デフォルトの名無しさん
2009/07/07(火) 14:04:08そういう意味ではMPIの実装依存でデッドロックが起きていないということになるわな。
0352デフォルトの名無しさん
2009/07/07(火) 16:32:14(A(1, 1), A(1, 2), A(1, 3), ..., A(1, n-1), A(1, n)) だけを
j = 1 から m 個ローカルプロセスの B(j) に集めたいと思います。
そこで、mpi_gather を使って以下のように書いたのですが、
このままでは m/n 個しか B(j) に渡されないようなのです。
call mpi_gather(A(1, 1), m, mpi_integer, B(1), m, mpi_integer, 0, mpi_comm_world, ierr)
fortran で書いていますので、この原因がメモリ上でのデータの
並び方(データがメモリ上で A(1, 1), A(2, 1), A(3, 1), ...,
A(n, 1), A(1, 2), ... と並ぶ)なのだろうと思いますが、もし
飛び飛びでデータを選ぶ(j だけ m 個 ローカルに渡す)方法を
ご存じでしたら教えて頂けないでしょうか？
初心的な質問ですみません。
0353デフォルトの名無しさん
2009/07/07(火) 19:07:19つ MPI_TYPE_VECTOR
0354デフォルトの名無しさん
2009/07/07(火) 20:32:32神様、仏様、353様!
早速お教え頂きありがとうございました。
0355デフォルトの名無しさん
2009/07/24(金) 16:46:11構文の違いと通信のしかたの違いとでどういう特徴があるのか・・・
0356355
2009/07/24(金) 16:49:25(XgridもOpenMPIを通して使うそうですね)
MPICH2のほうはどうなのか、ちと気になりましてw
0357デフォルトの名無しさん
2009/09/06(日) 10:48:01実行時 に mpirun -np ４ tttt と入力すると
error while loading shared libraries : libompi_f77.so.o cannot open云々
となって動きません。libにはあるんですが、どうしたらよいか教えて下さい
0358デフォルトの名無しさん
2009/09/06(日) 11:37:43実行時に .so ファイルを探したが見つからないというエラーなので適当な設定を加える必要がある。
libompi_f77.so のあるディレクトリを仮に /opt/lib とすると
a) コンパイル時に -Wl,-rpath,/opt/lib オプションを指定する
b) 実行時に環境変数 LD_LIBRARY_PATH=/opt/lib を設定する
c) /etc/ld.so.conf に /opt/lib を追加して ldconfig コマンドを root 権限で実行する
のどれかをすればいいと思われ。
a) は gcc のオプションで他のコンパイラにも同じようなオプションがある（はず）。
b) の環境変数の指定方法はあなたが使っているシェル（bash とか tcsh とか）によって違うので調べて。
c) は Linux の方法で、他の OS だとファイル名が違うかも知れない。
0359デフォルトの名無しさん
2009/09/06(日) 13:37:280360デフォルトの名無しさん
2009/09/18(金) 16:07:43勝手に
include 'mpif.h'
call mpi_init(ierr)
call mpi_comm_rank(mpi_comm_world,np,ierr)
call mpi_comm_size(mpi_comm_world,npe,ierr)
np=np+1
ってやって使っても問題ないでしょうか？
0361デフォルトの名無しさん
2009/09/18(金) 18:29:390362デフォルトの名無しさん
2009/09/19(土) 00:13:13こっちで聞いた方が良いとのことでこっちにきました。
Visual studio2008+MPICH2+ifortranを使ってます。
ブレークポイントやステップ実行などが使いたいのですが、
デバッグ開始にすると「デバッグ情報が見つからないか、または一致しません」となります。
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/ms164731.aspx
上のサイトにプロジェクトのプロパティのデバッグで[起動するデバッガ] を選択しろとありますが、
デバッガー-デバッガーの種類 しかそれらしいものが見当たらず、
また、グレーの文字になっていて変更できそうにありません（ネイティブのみとなっています）
ちなみにデバッグなしで開始なら問題なく実行できますが…
今までCygwin上でwrite文を打ち込みながら原始的にやっていたので、
さっぱりVSの仕組みが分かっていなくて要領を得ないかと思うんですが、
どうすればデバッグモードで実行できるでしょうか？お手数ですが、アドバイスを頂くにあたって
足りない情報などあればご指摘ください。
0363デフォルトの名無しさん
2009/09/24(木) 17:43:11VSスレの方がいいんじゃねーかな。
windowsでMPI使う物好きは少ないと思うし。
つーか、モロにVSの使い方だし。
0364デフォルトの名無しさん
2009/10/13(火) 21:53:16どのように宣言したらよいのでしょうか？allocateを使うしかないでしょうか？
77では無理ですか？
0365デフォルトの名無しさん
2009/10/14(水) 11:12:10subroutine mpiplay(n)
real data(n)
とか、かな。Initializeやfinalizeはメイン階層でしてね。
もっとも今は77とそれ以降を混ぜて書いても解釈してくれるから
allocate でがんがんやっても良いと思うけど。
0366デフォルトの名無しさん
2009/10/14(水) 19:51:56なるほど。動的配列を使うまでもなくそれでいいのですか。
ありがとうございます。もう一つお聞きしたいのですが、
メインでもその配列を使いたいときはどうすればよいでしょう？
rank等の取得の前に宣言部が来るのでそのやり方では出来ないでしょうか？
ダミー的にメインを作って、本当のメインをサブルーチンとして呼ぶとか？
0367365
2009/10/15(木) 05:59:50呪文はメイン階層でもする必要があるけど。
>>366
配列の要素数を、例えばプロセス数の100倍にしたければ、
program mpiwrapper
(略；なんか行があったりなかったり)
include 'mpif.h'
(略、宣言部とか)
call mpi_init(ierr)
(略)
call mpi_comm_size(mpi_comm_world,nprocs,ierr)
n=nprocs*100
call mpiplay(n)
(略)
call mpi_finalize(ierr)
stop
end program mpiwrapper
subroutine mpiplay(n)
include 'mpif.h'
integer n
real data(n)
(略)
call mpi_comm_rank(mpi_comm_world,myrank,ierr)
(略；分割対象のループがいっぱい。初期化とかiteration処理とか)
(略その２；data配列をmainにお持ち帰りできないので書き出しとかはこの階層で)
return
end subroutine mpiplay
かな？wrapperの表現が適切かはちと疑問だけど、まあここではOKということで・・・。
この例だと変数の初期値代入から書き出し保存などは全部 mpiplay(n)階層ですることになるね。
0368デフォルトの名無しさん
2009/10/15(木) 06:29:09できるけど。めんどいよねw. 自分自身はコマンドラインの引数を使いたい、
計算コード自身は７７で書いてしまった、の２つの理由で
メイン階層のWrapperをCでつくる事が多いけど。上の例は良くつかう。
やはり、というか配列サイズが前もって決まっていないタイプのコードは
最適化が抑制されるのか、遅いね。まあいちいちコード編集＆コンパイルの
手間がかからないから楽といえば楽だけど。
0369デフォルトの名無しさん
2009/10/15(木) 06:37:31>>366 ダミー的にメインを作って、本当のメインをサブルーチンとして呼ぶとか？
にYes！と書けば終わりだったな・・・・w
早起きはするものではないね。
0370デフォルトの名無しさん
2009/10/17(土) 05:54:20いえ、結構怪しかったんで具体的に書いてもらって助かります。
丁寧に教えてくれてありがとう。
0371デフォルトの名無しさん
2009/10/17(土) 20:52:34vel(3,m) pos(3,m) （それぞれm番目の分子のxyz座標の速度と位置）を
buffer(6,n) 1~3に速度(vel)を、4~6に位置(pos)をというように一つのbufferに詰め込んで
別のプロセスに送りたいんですけど、一回のアクセスで送り先のvel,pos両方に
格納することって出来ますか？別々にやらないとだめでしょうか？
それとも受信用の配列(rbuffer(6,n))とか用意して、別の処理で受信用bufferから
vel,posにそれぞれ移し替える方がよいでしょうか？
ちなみに送られる分子のmは不連続なので送る過程ではbufferに詰め込んでますが、
送り先では送り先にある最大の分子の番号の末尾から連続で入れればよし、というような状況です。
（送り先に既にm個あったらm+1~m+nまで）
基本的に通信回数は減らした方がパフォは上がるという認識で良いですよね？
0372デフォルトの名無しさん
2009/10/18(日) 05:40:13隣接関係(最近接の粒子番地)がころころかわるから厄介そう。
前半最後の２行が王道だとおもう。型の同じ変数は一つの配列名のに付けてから一度に送受信。
いっそ、最初からvelpos(6,m)みたいに位置や速度の情報を一つの大きめの配列にまとめちゃう方が
いいかもね。vi(m) とか sed だと、
1,$s/pos(1/velposi(4/g
1,$s/pos(m/velposi(3+m/g
みたいな感じでわりと一括置換が効きやすそうだし。
・・・・・恐いけどw
0373デフォルトの名無しさん
2009/10/18(日) 06:45:10うーん、やっぱそうですか。たびたびありがとうございます。
ちなみに代入はf90が使える場面なら
PV(1:3,m+1:m+nmbuf)=rbuffer(1:3,1:nmbuf)
PP(4:6,m+1:m+nmbuf)=rbuffer(4:6,1:nmbuf)
みたいにループ使わずに書く方が速度的にもいいですか？
（上であってます？間違いや冗長なところありますかね？）
上は簡略化してるんですが、実はもう少し複雑なので
あまりパフォが違わないなら慣れた添え字ループの代入が無難かな。
情けない話ですが出来る限りコマンドラインを避けてるのでviとかsedとかの話あまり分かりません。
でもそれで置換出来るならプログラム書く効率あがりそうですね。覚えた方がいいと思いつつ…
統合環境がそういう複雑な置換装備してくれたらいいのにな。甘えすぎですか。
0374デフォルトの名無しさん
2009/10/18(日) 09:38:00例では第一添え字が６要素だから、
do i=1,nmbuf
pv(1:3,m+i) = rbuffer(1:3,i)
pp(1:3,m+i) = rbuffer(4:6,i)
enddo
にするといいかな？
右側の要素を：つかって範囲指定すると遅くなることが多い・・・とおもう。
実装にも依存するけど、ベクトル的表現は第一添字(右端)だけに
しておくのが安全＆安心。
エディタでの一括置換は楽だけど諸刃の剣ｗ
0375デフォルトの名無しさん
2009/10/18(日) 09:39:35↓
第一添字(左端)
0376デフォルトの名無しさん
2009/10/20(火) 06:46:250377デフォルトの名無しさん
2009/10/20(火) 22:03:31ライブラリがリンクできれば。
0378デフォルトの名無しさん
2009/10/21(水) 02:41:08自宅で文法チェックするだけなら -I -L
0379デフォルトの名無しさん
2009/10/22(木) 02:52:210380デフォルトの名無しさん
2009/10/25(日) 06:45:10遅くなったけど本当にどうもありがとう。うまくできました。
ロードバランス大して考えずに領域の広さを均等にぶった切ったけどcore2quadで
３倍強の加速率でした。動的に負荷を割り振ったらもう少し早くなりそうかな？
0381デフォルトの名無しさん
2009/10/25(日) 20:05:53購入したのだが、ここまでスレッド数が多くなるとメモリ帯域か何かが溢れて
評価しないと使えないな。
同じプログラムが、
Pentium4 2.8GHz(1core * 2スレッド)ではMPIで2プロセス走らせると1.6倍ぐらい速くなったけど、
Corei7-860(4core * 2スレッド)ではMPIで8プロセス走らせると4プロセスに比べて0.9倍
ぐらいに遅くなったよ。
0382デフォルトの名無しさん
2009/10/26(月) 06:36:281 thread あたりの作業量は ４つの時に比べて0.9*4/8=45%くらいの残念くんだった、って事？
職場での印象では mpirun がメモリアクセスのスケジューリングを
うまくさばいてくれていないような気はしたな。気がしただけで検証もなにもしてないけど。
やはり分散メモリのシステムとは根本的に違う、という事なのだろうな。
・・・・OpenMPだともう少しマシな数字がでてくるのかな？
0383デフォルトの名無しさん
2009/10/26(月) 06:42:32CPU とプロセス（またはスレッド）のアフィニティはどうしてる？
プロセス数が多くなればなるほど、きっちり固定してやらないと
パフォーマンス低下の原因になる希ガス。
0384382
2009/10/26(月) 07:00:00MPIも固定しないのか・・・知らんかった・・・。
0385デフォルトの名無しさん
2009/10/26(月) 09:46:19高負荷のシングルスレッドを実行させると全CPUが12%程度になるよ(8core)。
LinuxでもたまにCPUを乗り換えるけどwindowsほど頻繁じゃない。
0386381
2009/10/26(月) 23:47:19実行したらどうなるんだろうと思った。
現在1〜8プロセスの全てのパターンをベンチ中。多分終わるのは明日。
> core i7か・・・いいな。このお金持ちめw いくらだった？
再利用などしたので、マザボとメモリとCPUしか買ってませんが、46,675円
> 1 thread あたりの作業量は ４つの時に比べて0.9*4/8=45%くらいの残念くんだった、って事？
そういう事です。
> CPU とプロセス（またはスレッド）のアフィニティはどうしてる？
そのあたり詳しくないのでほとんど設定変更せず使ってます。
ちなみにOpenMPI/CentOS5.4です。
0387デフォルトの名無しさん
2009/10/27(火) 16:27:05マルチ「スレッド」のプログラムならメモリ資源などの共用が多くHTの効果がでるかもしれないけど、
マルチ「プロセス」のMPIじゃ同一コアでキャッシュとメモリ帯域の争奪戦をするだけで効率低下すると思うけど。
0388デフォルトの名無しさん
2009/10/28(水) 02:43:340389デフォルトの名無しさん
2009/10/28(水) 02:57:18アフィニティで固定したとしても、論理コアが物理コアとリンクしているとは限らないだろうから、
コア間で依存性があった場合は注意が必要だと思う。
HTは簡単に言うと、あいているパイプラインを有効に使うことだから、2つの処理を同じコアで計算させていることだからね。
ただ、3次キャッシュが大きいので、コアが増えることでプリフェッチの恩恵は受けやすくなるかも。
0390デフォルトの名無しさん
2009/10/28(水) 02:59:50そりゃそうでしょ。MPIだってコアの指定をしないとだめ。
もちろんPthreadでも。
0391デフォルトの名無しさん
2009/10/28(水) 03:24:38383のを見るまで気づかんかったw
OpenMPだと dplace や taskset で固定できるけど、
これはハードベンダが作った奴だしねぇ。MPIで固定するのはどうするの(特にWin機)？
0392381
2009/10/28(水) 21:52:47悪禁になってしまったのだが結果だけかくと
5プロセスで走らせると最速のようです
0393デフォルトの名無しさん
2009/10/29(木) 01:33:12それだとメモリアクセスが一番のボトルネックじゃない？
ちょうど5コアでいい感じでメモリ帯域を食ってくれて、それ以下だと使い切れなくて、
それ以上だといっぱいになってしまう。
という感じに思える。
0394デフォルトの名無しさん
2009/10/29(木) 03:41:16最近はベクトル化を意識してループを短くして,(メモリでかくなったから)配列に中間結果を格納して・・・
というのがスパコンでは流行、というか推奨されるけど、HTでは
ループ内での処理が冗長なベクトル化をあまり意識してないw古いタイプの
コードが並列化では利得が大きいかも・・という事なのかな。
いまはCacheも大きいからたいがいループ内が長くても収まるし。
0395デフォルトの名無しさん
2009/12/04(金) 22:16:21使っているコンパイラー等はGfortran、open mpiです。解らなくなったのは、メインでBcastを使っても問題ないのですが、
サブルーチンでBcastを使うとエラーが発生してしまうんです。なんででしょうか？ちなみにプログラムは以下のとおりなんですが。
*
MPI 宣言文
*
IF(Nrank.EQ.0) NCP1=1000
CALL MPI_BCAST(NCP1,1,MPI_integer,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
*
KKK = 100
NNN = NCP1 + Nrank*KKK
PRINT *, NNN
これは問題なく動きますが、
IF（Nrank.eq.0) NCP1 = 1000
CALL MPI_BCAST(NCP1,1,MPI_integer,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
部分を IF(Nrank.EQ.0) CALL MAINSUBとし、サブルーチンを
SUBROUTINE MAINSUB
IMPLICIT REAL*8(A-H,O-Z)
COMMON /ACTIVE/ NCP1
*
NCP1 = 1000
CALL MPI_BCAST(NCP1,1,MPI_integer,0,MPI_COMM_WORLD,ierr)
*
RETURN
END
として、コンパイルし実行すると、 1000、 100、200、300と画面に出力され、notice thatjob rank 1 with PID 4737...の
メッセージが表示されますが、何故か原因が解らないのです。よろしくお願いします。
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