自力でディスクにデータ書くんだから不思議じゃないよ。
書く場所間違えたら他のファイルとか、管理領域の真上に書いてしまうかもしれないわけだしね。

当然だけどＨＤの空いてる領域をきちんと見つけないといけないし、
空いてる領域が小さいと、書き込むデータを分割しないといけない。
分割したら次のデータ開始位置のポインタを書かないといけないし。
これがずれると大変なことになる。
管理領域にもちゃんとファイルの存在を明示してあげないとディスクに書いただけじゃファイルとして
認識されない。

まあ、他のＯＳとまったく互換性のないファイルシステムを１から作る手はあるけどね。