同様の症状を再現出来るようになったので上げる。
完全再現は出来てないが、使い物にはなるはず。興味がある人はよろしく。

症状：
単独で起動した場合と、IDEから起動した場合で、結果が異なる。

環境：
VS++2008ExpressEdition

再現方法：
1. 新規プロジェクトを作成。(CLRコンソールアプリケーション。オプション等は全てデフォのまま)
2. mainを以下ソースと差し替える。
3. Releaseビルドで実行する。(Debugビルドでは再現しなかったので注意）

結果：
0.000000, 0x1ff68ddfb62221dd (IDEからの起動(F5))
0.000000, 0x1ff68ddfb62221de (コマンドプロンプトからの起動)
最後の2bitが異なる。(誤差は1bit）

備考：
俺が遭遇しているのとはやや異なる。(俺の場合、Debugビルドでもこれが発生する)
この再現状況だと、単に
「DebugとReleaseでバイナリが異なり、
IDEから起動した場合は常にDebugバイナリを掴んでいるだけでは？」
とも取れるが、こちらで確認した限りはちゃんとReleaseバイナリを掴んでいる。
理由は、
1. Debug/Releaseの両方のバイナリがない状態で実行した場合、
　自動的に作成されるのはReleaseバイナリ。（当然だが）
　結果は****ddとなる。(ブレークポイント等で止めて確認する）
2. そのReleaseバイナリをコマンドプロンプトから起動すると、****deの結果が得られる。