分かる方、教えて下さい。

プログラムの処理時間を計っているのですが、
GetThreadTimes()で取得した時間をもとに計算した処理時間（ＣＰＵ時間）が
timeGetTime()で取得した時間をもとに計算した処理時間（実時間）より長くなりました。
スレッドが複数のコアを同時に使うことはないので
こういうことは起こらないはずだと思うのですが、
どういう場合に起こるのでしょうか。

なお、1/16秒くらいの精度しかないことは、認識しています。
その上でループを何度も回して十分な時間動作させた上で、
前者が後者の２倍くらいになってしまうのです。