そのようなことが本当に可能かどうかの確認もせずに書き込むのはなぜなんですか？
実際に昔自分が試したことがあって、完全にわかっているなら良いと思うけど
やったこともないことを、試しもせずに、どうして適当書き込むの？

まずレイヤードウィンドウで、SetLayeredWindowAttributes　でアルファ値を0にした場合
完全な透明になるとともに、マウスの当たり判定も何もなくなって
まるでウィンドウが存在していないかのような扱いになるので
マウスカーソルがウィンドウ上に有るよっていう扱いが無くなって
マウスカーソルを非表示にしても、非常時にはならない
で、アルファ値を1とか適当な値にするとマウスの当たり判定が出来るので
めでたくマウスカーソルを非表示にすることが出来る
ここまでは質問者が書いている内容

ここで、ウィンドウサイズを画面いっぱいに広げると
画面全体がアルファ値の「1」の分の影響を受けそうだということもあるが
とりあえず質問者はGPUの負荷を気にしている
そこでアルファ値を0にするとWindows内の最適化でGPUでの合成処理はスキップされるだろうが
しかし先ほども書いた通りマウスの当たり判定も無くなるのでマウスカーソルは消えなくなる
で、この場合WS_EX_TRANSPARENTの何が有効なんだという話
これを指定したからといって、アルファ値が1であればウィンドウは表示されるし
表示されるんなら、GPUに負荷がかかることに変わりなし

だが、ここまでであればまだよい、まだわかる、それはいい、本当の問題は
レイヤードウィンドウにおいてのWS_EX_TRANSPARENTは、「マウスイベントを透過させる」の意だ
つまり、ウィンドウは半透明とかで表示するけども、マウス的には無きものとして扱う
そういう意味であるので、マウスの判定は無くなるし、ウィンドウ上にマウスがあるって扱いも無くなるので
「マウスカーソルは消えない」
だから、レイヤードウィンドウでWS_EX_TRANSPARENTだと
アルファ値が何であろうと、ウィンドウサイズが何であると、関係なく
そもそもマウスカーソルは消えない

つまり言ってることが二重三重にデタラメ