101です。
荒れる原因になってしまったので
追加の報告をさせて頂きます。

100さんの方法で自動検出が消え、Qt5.6.2 gcc_64を指定したあとは、
公式のQt5.6.2を利用しています。
公式のQt5.6.2にもQt5.6.2 gcc_64を指定した設定が適用されていました。
（自動検出のQt4を消すことが出来ました。）
ですので、102さんが仰る
>>Qt Creatorだけシステム側ので全体がチグハグ
にはなっていないと思います。
この報告をすぐにすればよかったですね