どのjavaアプリは内緒ですが、
WARNING: Illegal reflective access by ... to field sun.awt.X11.XToolkit.awtAppClassName
です。それとnetbeans8.2はjava9に対応してないようですね。
netbeans9も開発移管でドタバタしていて、もうnetebansとしてはリリースもされないかもしれません。がそのあたりの今後の事情もどうなっているんでしょうか。