こんな感じでｿｰｽを修正してdoxygenをｺﾝﾊﾟｲﾙしなおせば使えるらしい

　https://github.com/Sleepyowl/doxygen/commit/6c380ba91ae41c6d5c409a5163119318932ae2a3?diff=unified

修正対象はdoxygen.cpp

　https://github.com/doxygen/doxygen/blob/master/src/doxygen.cpp

　　L348の下辺りにこの行を追加　
　　　{ "shared_ptr", 0, 0, "T", "ptr", 0, 0, FALSE, FALSE }, // C++14

　　L522を更新
　　　if (fullName=="std::auto_ptr" || fullName=="std::smart_ptr" ||
　　　　↓
　　　if (fullName=="std::auto_ptr" || fullName=="std::smart_ptr" || fullName=="std::shared_ptr" ||

つまり、doxygenでは、shared_ptrを正式にｻﾎﾟｰﾄしてない

shared_ptrは
池沼でもないかぎり業務で使うようなｺｰﾄﾞでまず使われることはないから
苦情も少ないため放置しているものと考えられる