はい
数KB程度の小さなもの1個2個であれば正直無視しても差し障りないと思いますが
多数の場合や大きなものの場合もありますし
他形式動画の再生にも繋がりそうなので根っこの話を知っておきたいです

基本的にはバイナリを分解してから
座標ごとに（色IDをパレットに照らして得た）色を表示領域に描画、だと思うんですが
動画ならフレーム単位に分けたうえでdelay値ごとにフレーム上書きですよね

となると全マス書き換えよりは透過のほうが処理は早いように思うのですが
ひょっとしてレイヤー概念を考えなくて良い非透過のほうが早い場合があったりするのか、とか
表示する側の都合だとかGPUだとかの影響がいろいろあったりするのか、とか