オブジェクト指向云々を議論するのは構いませんが、
結局ソースファイルがどこなのか分からなければ
話にならないことを忘れてはならないと思う。

大変なのは、プログラミングそのものより、
自分が手を加えなければいけないのはどの
ソースファイルでどのメソッドなのかということや
どこにディレクトリりを作ってどこに配置をすればいいか
決めることではないのか？

継承やポリモーフィズム、オーバーライド
抽象クラス、インタフェースとか使いこなすのは構わないが
ソースがどこにあるか余計わからなくなるようでは
後から参加する人が困ります。

また、ディレクトリ構造にはソースファイルが
だけがあるわけではない。
HTMLや画像や音声や設定ファイルや
JSON,XMLファイル、アプリ特有の特殊なバイナリ
だってあるんだ
これらをどう配置すればいいかなんて誰も教えてくれない
じゃないですか。