>>3
なるほど。
コマンドラインアプリ程度ならば、ライブラリと一体化させ、複数の命令があっても、サブコマンドとして実装するのが正解かも知れませんね。

>>4
すみません。個人で使いたいだけのライブラリもpip等を意識すべきでしょうか?
3rdパーティーのライブラリを使うのにpipは非常に便利なのですが、自作するとなると勉強が必要そうに感じました。

>>5
すみません。私はおそらくpythonでのデプロイの意味が理解出来てないです。
個人でのみ利用するライブラリとアプリケーションを作成する場合のソースコードの構成が知りたいです。
アプリケーションがコマンドライン程度の場合、>>3さんの提案が良い様な気もしていますが、いかがでしょうか?