ファイルの分け方に正解はないと思う
pubじゃない要素（構造体フィールド等）にアクセスしたいかどうかが一つの指標になるけど
自分はとりあえずJavaみたいに１ファイルにつきpub型定義１つをベースにしてる（絶対ではない）

参考になるかは分からないけど
・モジュール内ではpubでない要素に相互にアクセスできる
・子モジュールは親モジュールのpubでない要素にアクセスできる
・親モジュールは子モジュールのpubでない要素にアクセスできない
が設計のヒントになるかな

Javaのデフォルト公開（パッケージ内アクセス）みたいなことがしたければ
同じクレート内でのみアクセスできるpub(crate)みたいな公開指定もある