面倒でなく、本処理が止まらないのを優先なら
図形(オートシェイプ)自身、またはその横に「h:n:sくらいまで実行中」のように書いて、クリック時の処理は実行中フラグONなら直ちにexit sub
(クリックに無反応。書いてあるのだから無反応で構わない)
本処理終了で↑のメッセージ消去とフラグOFF

メッセージ書くとこ無ければ、メッセージ出すだけのuserFormを作成して表示
これで表示するだけなら本処理は止まらない(このForm表示で少しつまずくかも)
クリック時の処理は実行中フラグで……は、最初のと同じ
本処理終了でForm消去とフラグOFF

いまパッと思いついたのはこんな感じかな