やっぱりそこは本当に人によるとしか
几帳面タイプはどう使おうとシリーズ別に保管だろうし
利便性優先なら全部とは言わなくてもジャンル毎保管が捗るだろうし

私はバラして飾ることも多々あるけど前者派で
単品セット毎小袋→シリーズ毎に大袋→シリーズ大袋をざっくりとジャンル分けして大箱へ...みたいにまとめてる
シリーズ大袋に外から見て分かるように元の箱切り開いたの入れておいて
欲しいの探すときやバラ使いを戻す時の答え合わせしやすくはしてる
リメ系以外のガチャ物とかは小冊子ごと小袋に入れた上でジャンル別保管