2016年 3月 4日：京葉線二俣新町駅（市川市二俣新町）を誤って通過。電車の男性運転士（３５）、男性車掌（５９）はいずれも「違うことを考えていて（通過に）気付かなかった」
2016年 3月15日：籠原駅構内で送電設備が焼けるトラブル(事故とは称さなくなった)。１１か所の電気設備が焼けたり壊れた。３日間で約51万人に影響。原因は碍子が破断。
2016年 3月19日：倉賀野を出た機関車がなぜか八高線に突っ込まされて、ポイント踏みつぶす。たまたま下りが走ってたら衝突してもおかしくなかった。
2016年 3月19日：高崎線倉賀野−新町駅間で信号機に異常。1時間半運休。
2016年 3月20日：釜石線のトンネルで、壁の一部が幅３メートルにわたって崩れ落ちているのが見つかり、一部の区間がおよそ５時間運休。
2016年 4月 3日：ＪＲ武蔵小金井駅でＪＲ東日本契約社員、田中智也容疑者（２０）が自動券売機から売上金約１３００万円を抜き取る。
2016年 4月13日：新白河駅での信号装置故障の影響で、東北新幹線が最大40分遅れ。日本信号だかのヒト
2016年 5月 4日：ＪＲ東日本などの新幹線の駅 電光掲示板表示されず。終日続く。上野東京ラインと湘南新宿ラインと接続する路線全てと武蔵野線にも遅れ。
2016年 5月11日：湘南新宿ラインドア故障してビニール幕張って走行。
2016年 5月12日：JR川崎で停電！東海道本線東京から熱海間、京浜東北線の全線、南武線川崎〜立川で運転見合わせ
2016年 5月10-18日：籠原駅構内で信号機トラブルが３件相次ぎ、10万人超に影響。
2016年 6月 6日：常磐線北松戸―松戸駅間で我孫子発松戸行き上り普通電車（１０両編成）が線路保守に使う機材運搬用の台車に衝突。脱線の恐れもあった。
2016年 6月 9日：ＪＲ東北線の水沢駅構内、貨物列車が脱線。
2016年 6月15日：外房線車内で痴漢の疑い　ＪＲ子会社社員逮捕
2016年 6月22日：板橋駅で線路と線路の間にある砂利の部分がやや下がっていることを確認したため、点検作業に入った。