JR発行の二区間定期は通学区間+通勤区間のT字にすりゃOKでしょ。
ぐぐればいくつも例が出てくるし、JRのSuica2区間連絡定期券のページにもわざわざ「第2区間にJR線が含まれる場合は（略）Suica付学生証等でも発売いたします」って書いてある。