規則に拘った話をするのであれば、例えば大宮から上野のSuica定期券で埼京線で新宿に行った場合、
新宿では最安の田端→新宿の運賃が引き落とされる。

39条により別途乗車として扱うのだから駄目だよね。
この定期券から田端→新宿の別途乗車とした場合、
近郊区間が適用されるわけでもないので赤羽からの埼京線には乗れない。

このような場合、逆にPASMOエリア各社には乗車経路と異なる運賃になる場合がある、
という規則があるからいいんだけど。

規則に忠実に行動するのであれば、このときに赤羽→新宿の乗車券を用意しておく、
というほうがより行うべきだろうね。