つまり整理すると

・東京〜新潟〜鶴岡の幹在乗継特急券の発券は、有効な乗車券がないとできない。
・どうしてもやるならば、新潟で新幹線を降りたとき、日本海パス購入時に坂町〜鶴岡を不乗として払い戻しを受ける。

てことですね