JR東の回答をどう解釈するか、ですが… 乗車券は基本として乗車経路どおり
お求めください、的な内容だったので (モロにコピペは致しませんが) これじゃ
157条2の選択乗車その物を否定されたような気もしますが、気を取り直して

・「大森⇒神田」の普通乗車券と、「品川⇒東京」の特急券で新幹線に乗れる

・新幹線に乗ったら「大都市近郊区間内相互発着の普通乗車券」の効力を
失うとは特に言ってなかった(だから効力ありとは決めつけられないですが)

※磁気券のデータをチェックすれば新幹線の改札を通った事は判るでしょう

・指定券売機で品川⇒東京は「特急券のみ購入」とし、大森⇒神田は「普通
乗車券のみ」で経由地に東京・館山・茂原、などと指定できないかな。どうせ
最短経路で計算すると思うし経由地など印字されないでしょうが。乗車経路
通り買いました、と言えますね…操作する所をスマホで撮れば。

とはいえ、JRの回答を印字した物とスマホ画像を見せながら「乗車経路通り
買ったんだ！」と改札で揉めている自分を想像するのも、重苦しい。

約束はできませんが、実験結果が判明したらレポします。