こういうケースがどうなのかは知らないが一般的には買った会社の窓口じゃないと払い戻し出来ないんじゃないっけか？
例えば大阪駅で買ったのぞみ指摘席特急券は西の窓口でないと払い戻し出来ないみたいに。
前に東の窓口で買ったサンライズに京都から乗るつもりでの特急券を急用が出来て泣く泣くキャンセルしようとして窓口行ったらキャンセルは出来たけど払い戻しはキャンセル証明発行するからそれを持って東の窓口でやってくれとなった。
そのときは自己都合だけど基本ルールは同じじゃないかな？