分かりにくかったかもしれないので補足すると
例えば東京⇔大宮のSuica定期券で
茅ヶ崎→東京→(新幹線)→大宮→高麗川と乗車した場合、
かつては、高麗川出場時点で最安となる茅ヶ崎→高麗川の運賃を引き落としていた。

現在は、東京での乗換改札通過時に茅ヶ崎→東京の運賃、
高麗川出場時に大宮→高麗川の運賃を引き落とし、
新幹線の乗車部分は全く別のものとして扱っている。