http://blog.livedoor.jp/yosi44125/archives/52291203.html
呉から広島・東広島を経由して新大阪以遠（東淀川方面）の片道乗車券を購入しようとした時でした。
広島駅で日にちを跨ぐ途中下車の予定があったことから、旅客営業規則第16条の2第2項第6項により広島・東広島経由の片道乗車券をお願いしたところ、
旅客営業取扱基準規程第151条の2を盾に発行を拒まれ、海田市・瀬野経由の片道乗車券を発行されました。
広島駅で日にちを跨ぐ（現在でも行われているかは判りませんが、旅客営業取扱基準規程第145条第1項を拡大適用する形なのか、
当時は当日中であれば出場の取り扱いをおこなっているということを聞いておりました）
途中下車の予定があることを再度再度説明すると、海田市〜広島間の往復乗車券を別途購入させられました。
広島駅で再度の抗議と説明をすると、１時間近く確認のため待たされた(-。-#)後、海田市〜広島間の往復運賃が返還され、
呉発の片道乗車券には旅客営業取扱基準規程第145条第3項に掲げる特別下車印を押印されて、翌日はそれで改札を受けるように案内されました（発行替はしてもらえませんでした）。
ということで、私の場合は「新幹線別線（分岐線）経由の乗車券」を手にすることができませんでした(^^;
一応、自分なりの規則上の発行可否を確認した上で発券をお願いしたつもりだったのですが、どこか規則に抵触していたのでしょうか？
　また、発行可能なのであれば、〇〇〇〇Ｂ様にマルス経由線名の入力順（あるいは補正禁止などの操作も必要なのかな？）をご教示いただければ幸いです。

そのケース、マルスで発券できないやつですね。
出補対応になるはずです。