あとは、東管内でSuicaエリアが拡大したときに
導入に合わせて切符運賃を値上げすることになってしまう。

それは利用者の反発が予想されるからやりたくないだろうし、
だからといって東の切符運賃＝本州3社の運賃＞東のIC運賃
にすると単に減収になってしまう。

ICは1円単位にするなら今の方法しか無いと思う。

ただ、電車特定区間以外ではICを1円単位にしない、
という解決方法をなぜしないのかは分からん。