規則164条の2　第2項にある

＞前項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる区間内の駅（長いので内容省略）
＞を発駅若しくは着駅又は接続駅とする場合は、線路が異なるものとして旅客の取扱いをする。

これ↑が、「乗車券」の券面記載経路（または運賃計算上の経路）を指すのか、
あるいは「旅客」が実際に乗車する経路を指すのか、
永遠に平行線なんだよ。