日本旅行の店で、日本旅行ギフトカードと差額クレジット併用でで切符購入(商制になると思う)

このケースだと、JR各社の窓口で乗車変更可能？
マイナス時の返金対応がどうなるかと、追加料金発生時はクレジットカード決済可能ですか？