規約上の定めと駅、車両を含む現場の運用上の裁量判断の違いでしょ。
規約上は、自由席特急券は、自由席車両に乗るためのチケット。
指定席車両への立ち入りを明示的に許可されていない状況で指定席車両に立ち入ることは不適当。
指定席車両への立ち入りを許可するかは、現場の判断。