/usr/ports/foo/barに適当にcdしてmake patchするだけでソースが展開されるので、
実質的に使ってるものは全てソースをディスクの*決まった場所に*展開してあるのと同じ。
何か困ったり知りたいことができればいつでも参照できる。
ローカルパッチも適当にdiffとってfilesに放り込めばおしまい。

Emacsとか、portsとは別にそれぞれのCVSから直接checkoutしてるものもあるけど。

FreeBSDが万能無敵とは言わないが、俺にとってこれほど快適な環境はちょっとない。
pkgsrcのあるNetBSDとかなら代替できるけど、RPM使うものとかはダメだろうな。
使ったことはないが話に聞くgentooでも大丈夫かも知れない。