3.1.5 にしたら sa-learn が mbx 形式に対してエラーを吐くので調べてみた。
ArchiveIterator.pm の 1144行目。

--- ArchiveIterator.pm.orig     Tue Sep 12 16:39:47 2006
+++ ArchiveIterator.pm  Tue Sep 12 16:39:58 2006
@@ -1141,7 +1141,7 @@
          }
 
           $self->bump_scan_progress();
-         $info->{"$file.$offset"} = Mail::SpamAssassin::Util::receive_date($header);
+         $info->{$offset} = Mail::SpamAssassin::Util::receive_date($header);
 
          # go onto the next message
          seek(INPUT, $offset + $size, 0);