>>597
各texファイルに分けておいて\includeしておいて、
更新のあった部分だけ分割コンパイルすればよい

>>600
それだったら、結合でわざわざpdftkなんか使う必要がない
LuaLaTeXで吐いた各ページのpdfを、LuaLaTeXで結合したらよい