UNIX系システムでは、1970年1月1日0時0分0秒からの相対秒を使用して
システム時間を管理する方式が一般的です。これを基に相対秒を積算
していくと、本年9月9日の午前1時46分39秒から同40秒になる際に、
積算値が9桁（999999999秒）から10桁（1000000000秒）（いずれも10進数）に
繰り上がるため、10進数に変換した積算値の格納領域を9桁しか確保していない
アプリケーションプログラムの場合、積算値が０に戻るため誤動作する可能性が
あります。これがいわゆる、西暦2001年9月9日問題と呼ばれるものです。

http://www.rocs.mind.ne.jp/topics/2001/20010909.htm