黙っていれば会社にバレないよ。
身障者所得控除は確定申告でやればよろし。

私鉄は会社によって半額になるかまちまちなので、HPで確認。
ちなみに津軽鉄道は半額、秋田内陸縦貫鉄道は1級のみ。