> ADMTで移動プロファイルの変換ってできたようなきがする

まぁ、ADMTで変換はできるけど、いろいろと面倒くさいよ。>>97がそこまでの要件を持っているのか知らないけど。
まず双方向で信頼関係を設定して（他にもいろいろあるけど）アカウントの移行をしないと変換はできないはず。
ADMTはアカウント移行に関してオブジェクトの持つSIDの更新（追加、置換、削除）を補助してくれる。

移行後に移動プロファイルを格納するサーバの更新処理と、クライアント端末の更新処理を
行っておけば同じパスのプロファイルを異なったドメインで引き続き利用できるし、別の場所へ
コピーして使っても問題ないだろう。細かい動きはMSの記事を参照。

http://www.microsoft.com/technet/prodtechnol/windows2000serv/deploy/cookbook/cookch10.mspx

あと、移行元ドメイン側のアカウントがサーバ上の移動プロファイルの所有者になっている時は
2000 SP4、XP SP1以降ではADMTで更新をかけても所有者チェックに引っかかるから気を付けるべし。