なんかADに関する複合的なトラブルのような気がするね。
ここらへんはもうチェック済み？

SYSVOL および NETLOGON 共有が存在しない場合のトラブルシューティング
http://support.microsoft.com/kb/257338/ja

それと、イベントログにはなんか変なエラーとか上がってないのかな？
（アプリケーションとシステムだけじゃなく、FRSとかDirectory Serviceのイベントもね）

あと、ADの復旧の話もなんかあったみたいだけど、2003でスキーマが拡張されたり
細かい部分で変わってるけど、基本的なところは 2000の ADとあまり変わらないので
このドキュメントは非常にわかりやすくて参考になると思う。あくまで基本的な考え方ね。

Active Directory? 障害復旧ガイド
http://www.microsoft.com/japan/technet/prodtechnol/windows2000serv/techinfo/administration/activedirectory/addrstep.mspx