> そもそもUSBメモリと外付けHDDではブート領域の構造が違うの？
> 構造と手順を図解してUSBブータブルなOSの作成を解説してるようなサイトがあればいいのに

USBメモリには、MBR/GPTがないようにフォーマットされたものと、MBR/GPTがあるようにフォーマットされたものがあるようだ。
HDD的使い方をするのであれば、パーティションツールでパーティションテーブル (MBR/GPT) を作成しておく方が望ましい。

USBメモリには、リムーバブルメディアとして認識されるものと、HDDとして認識されるものがあるようだ。
OSやアプリケーションのインストーラは、インストール対象がリムーバブルメディアと認識されるか否かで、
(リムーバブルメディアへのインストールを拒否するなど) 異なる動作をする可能性がある。

ただし、リムーバブルメディアでも、VHD内ではHDDとして認識されるようだ。

USBでWindows7!
http://home.catv.ne.jp/ss/user/yukata/windows7USBboot.html
> USBメモリーやSDHCでHDD化をしなくても、いちおうOS自体はまともに動作します。
> でも、アプリによってはリムーバブルメディアだとインストールが出来なかったり、
> まともに動作しないものがあります。
> これでは使い物にならないという場合、次のVHDブートにすると、メディア自体はリムーバブルのままでも
> VHDはHDDとみなされ、うまくうごくようになります。