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Win7でIntelのUSB3.0ドライバーをインストール後にUSB3.0ポートから通常起動しなくなった場合には、
PEでも起動したレジストリエディタのHKEY_LOCAL_MACHINE 配下へと
\Windows\System32\config\system このハイブをマウントしてから以下の３箇所を"0"に設定すれば
USB3.0ポートから正常起動するようになります
ノートパソコンできちんと確認しました

[HKEY_LOCAL_MACHINE\a\ControlSet001\services\iusb3hcs]
"Start"=dword:00000000

[HKEY_LOCAL_MACHINE\a\ControlSet001\services\iusb3hub]
"Start"=dword:00000000

[HKEY_LOCAL_MACHINE\a\ControlSet001\services\iusb3xhc]
"Start"=dword:00000000